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By Nicole Giese, April 29, 2010
胚胎幹細胞中的新證據證實,哺乳類動物的基因也許全都有一層控制,其作用基本上類似你數位攝影機上面的暫停鈕。這些研究者表示,結果證實,暫停現象(先前被認為是某些特殊基因的特質)事實上是基因組中一種更加普遍的特點。
這些發現報告在 4/30 當期的 Cell(Cell Press 旗下刊物)上。
"我們正明白,在基因表現的控制中,我們錯過了整個『第二步』," MIT Whitehead 研究所的 Richard Young 說。"那超令人振奮的," 他說,而且對某些健康的爭論也是。
尤其是,Young 的團隊證實,聲名狼藉的癌症基因,稱為 c-Myc,在『暫停』整個基因組中許多基因的釋出上扮演了主要的角色。根據研究者表示,他們在基礎上的重要發現,也許因而在治療某些最令人困擾的癌症上,終將有實際應用。
數十年來,科學家已知,轉錄受『徵召 DNA,然後將(轉錄)因子與啟動子(promoters)結合』的控制,對聚合酶(polymerase)酵素而言,在此它們的作用如同某種『魔鬼氈』,Young 解釋。而聚合酶為了(製造)蛋白質會將 DNA 拷貝至 mRNA 樣版。 "我們仍相信那是真的," 他說。"驚訝之處在於,那『只是』第一步。"
他們現在證實,有其他角色使被徵召的聚合酶『凍結』在它們的位置上 -- 實際上暫停基因的活動。這是一件當暫停鈕釋放後,其他轉錄因子仍會繼續作用的工作。
身為暫停功能之重要性的證據,胚胎幹細胞的全基因組分析顯示,在任何時刻下,啟動子附近都可以找到大量的聚合酶,即便問題中的基因是那些轉錄最活躍的。暫停因子(Pause factors,稱為 DSIF 與 NELF)通常也在這裡,那與下面概念一致:它們只在酵素開始轉錄 DNA 之後才與酵素結合。
這些交互作用中的其他玩家,包括被轉錄因子 c-Myc 所徵召的那一個,為了讓基因能回到『on』的狀態,必然會接著釋放暫停鈕。
Young 表示,他最初認為暫停過程對胚胎幹細胞來說也許相當獨特,不過他不再這麼想了。當他們開始研究時,他們也預期到,胚胎細胞只會在選出來的生長基因中出現這類暫停。但事實上,他們發現,在所有啟動子中,約有 75% 被暫停了。
"我們發現那到處發生 -- 在所有基因上," Young 表示。"聚合酶到來,接著它們在啟動子的『下游』累積。" 在它們停止前,它們只會製造非常小的一段 RNA,等待訊號以便繼續。某些被暫停的聚合酶顯然無限期地維持在它們的暫停狀態,他說。
Young 表示,他認為這第二層的控制很可能提供細胞某些額外的彈性。他提到,在某些例子中,這種暫停似乎允許對特殊提示迅速回應。他說,暫停功能或許也是必要的,因為聚合酶在從事它們的工作上出乎意料之外地懶散。這種酵素常會在二種方向上轉錄,其中一種很明顯是反的。
"這有點毫無頭緒," Young 說。"暫停控制也許是一種方法,確保轉錄只會在正確的方向上,以及在正確的基因上繼續下去,而非亂來。"
雖然 Young 並非癌症專家,不過他表示,將這種暫停過程與 c-Myc 連結,可能會掀起一些波瀾。
"Myc 在癌症中如此重要," 他說,提到 Myc 涉及至少百分之 15 的人類癌症,包括某些最難對付且容易復發的。這裡有某些老鼠的證據指出,將 Myc 關閉能導致癌細胞萎縮與死亡,但 Myc 本身並非理想的藥物目標。
"現在我們知道,Myc 做了哪些事以及它所徵召的激酶," Young 說。"那是關鍵,因為激酶常成為好的藥物目標。"
這些新發現因而對『Myc 如何作用』提供了新洞見,也成了一種『試圖將其關閉以治療癌症』的新挑戰與對策。Young 表示,關於暫停控制以及它的釋放,還有對於人類疾病的其他潛在影響,的確有許多要學的地方。
※ 相關報導:
* c-Myc Regulates Transcriptional Pause Release
http://www.cell.com/retrieve/pii/S0092867410003181
Peter B. Rahl, Charles Y. Lin, , Amy C. Seila, Ryan A. Flynn,* 分子膠cohesin 的新作用
Scott McCuine, Christopher B. Burge, Phillip A. Sharp and
Richard A. Young
Cell, Volume 141, Issue 3, 432-445, 30 April 2010
doi :10.1016/j.cell.2010.03.030
* 科學家發現蛋白質如何結合基因並控制基因組
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