2009-02-02

達爾文的生命之樹也許更像灌木叢

Darwin's Tree of Life May Be More Like a Thicket
http://www.physorg.com/news152274071.html
http://www.newscientist.com/article/mg20126921.600

January 27th, 2009 by Lisa Zyga

(PhysOrg.com) -- 在《物種原始(On the Origin of Species,大陸譯:物種起源)》中,達爾文(Darwin)以生命樹(tree of life)的圖像來說明物種如何從另一種演化成這一種。即便在今日,分枝從較低的分枝(代表祖先)萌發,許多人仍如此看待物種的演化。

然而,演化生物學家知道這幅圖像並非如此清晰已有段時間了。New Scientist 在最近一篇專題報導中調查了生物學家當前的看法 -- 生物不僅會將特徵(traits)傳給他們的後代,還有可能傳遞給其他活著的生物 -- 並指出根除「生命樹」也許是生物學中革命性變化的開始。

「演化不像生命樹那樣明確」這種可能性,對生物學家而言並非嶄新的點子,不過那正從各種研究緩慢興起。在 1950 年代以及之後的數十年,DNA、RNA 的發現以及蛋白質的定序,揭露那些一度被認為在樹上彼此相近的物種,事實上卻相當不同... 就分子而言。在 90 年代早期,科學家希望基因定序能幫助他們拼湊出生命樹,不過所呈現的卻是相互矛盾的結果。例如,某些基於他們的 DNA 為密切相關的物種,若基於其 RNA 則根本八竿子打不著。

為了要理解這些衝突,生物學家得要重新建構達爾文的樹,那假設生物主要會將他們的特徵傳給他們的後代。除了這種「垂直的」基因轉移外,生物也有可能透過「水平的」基因轉移與其他生物共享特徵,或甚至藉由與其他物種繁殖來產生遺傳上的混種。

水平轉移與雜交(hybridization)將導致「生命網」,與一些物種共享某些特徵與其他則否,一如分子證據所示。或許,生命樹如同 W. Ford Doolittle 所言,僅是人類用以分類大自然的一種方法。

今天,生物學家對於水平基因轉移在演化中是否扮演顯著的角色,或著僅添加雜訊,使得生命樹複雜的分枝難以定奪,仍有歧異。某些科學家認為,水平基因轉移也許精確地解釋了簡單生物,例如細菌、古菌(archaea)以及如阿米巴原蟲那種原核生物(prokaryotes)的演化,而複雜動物則垂直演化。不過考慮到這些簡單生物佔了所有物種的 90%,且已存在 38 億年,多細胞生物不過是從 6 億 3 千萬年前才開始出現,複雜生物的線性樹也許更像整個(生命)網上的小分枝。

但更加新近的證據指出,複雜生物也有一段水平基因轉移與雜交的演化歷史。病毒似乎時常從某一基因組將 DNA 剪下、貼上到另一個基因組上;在人類這邊,我們的基因有多達半數以上都是由病毒「平行輸入」。此外,雜交也比先前所認為的更加常見。證據甚至顯示,早期的智人(Homo sapiens )也許已經與某些已滅絕的相關物種雜交過,例如直立人(Homo erectus)與尼安德塔人(Neanderthals)。

儘管這些相互關連使得演化比原本所想的要更加複雜,不過垂直過程仍能漂亮地解釋多細胞生物如何彼此相關 -- 所以這棵樹仍相當有用,不過僅在某部份,而非全部。更顯著的是,理解演化分枝的複雜性也許顯露出生物學整體遠比所見更加複雜。如同 New Scientist 所指,生物學的領域與 1900 前後的物理學非常類似 -- 就在相對論開創性的發現以及量子力學改革這個領域以及我們看待世界的方式之前。

※ 人類或許更像是演化使上的「意外」。相關報導:

* Paleontologist reflects on Darwinian connections
http://www.physorg.com/news152548220.html

創世第八天 - 二十世紀分子生物學革命
基因組混搭地理學 洞悉生命與環境
病毒將自身織入 DNA 中由父母傳給嬰兒
新教科書聚焦可怕且投機的真菌
絲盤蟲基因組完成定序 理解動物起源
新種火星蟻 保有始祖原形
怪魚(長頭胸翼魚)之眼利用鏡子使光線聚焦
「熊市」:法國洞窟闡明熊的演化
為何不同種交配無法繁殖?中研院解密
DNA 條碼:它們都很準確?
科學家在「垃圾」DNA 中挖寶
DNA 甲基化位置多位在人類基因組的「岸邊」
最適者生存:癌細胞也遵循演化法則
新發現支持諾貝爾桂冠 Warburg 的癌症理論
未來醫學突破關鍵:系統生物學

1 則留言:

fsj 提到...

下面是另一種生命之樹,屬於尤太人的神祕主義。

◆ 生命之樹
http://www.helzone.com/vbb/archive/index.php/t-17968.html

根據聖經傳說,耶和華在創造天地之後,又在東方叫作伊甸的地方創造了一個美麗的庭園。那裏四周都是荒地,中央則有水流及許多果樹,並結滿了纍纍的果實;傳說吃了該果實之後,即可獲得生命與智慧。

伊甸園中還有一棵「智慧之樹」,亞當和夏娃就是因為吃了它的果子而被趕出伊甸園的。「智慧之樹」經常被認為就是蘋果樹,然而有些研究者卻認為,「智慧之樹」是和「生命之樹」相對的「死之樹」;如果吃了「生命之樹」的果實,便可以擁有永遠的生命,如果吃了「死之樹」?(即「智慧之樹」)的果實,就非死不可了。慈悲的神原想給人類永遠的生命,但人類卻因為自身粗鄙的智慧,吃下了「死之樹」的果實。

生命之樹 (The Tree of Life)

※ 另一種說法是 The Sephirothic Tree(真理之樹),以下內容請參考下面網站,可以更清楚。

卡巴拉(※ Cabala,Kabbalah,希伯來文為傳承、授與的意思)在西方傳統神秘學中,它的建立是從一個稱之為 "生命之樹" 的圖開始的。這圖表包含著十個描繪 "Sephiroth" 的圓圈(單數請用Sephirah);意思指 "天體" "數字" "散發" 。Sephiroth從一到十都被精心安排在它們原本的領域裡。

每一個Sephirah都有一個原型觀念。也就是說,Sephiroth表現出神格與創造這世界的步驟。在物質界中,根據著古老的觀念,它們表現在神聖的範圍裡。越過第一個Sephirah "Kether(Crown;王冠)" 之後,遇見的是三層能量的環,第一層是虛空(原文為Ain),再來是無限(Ain-Soph),最後一層是無數的光(Ain-Soph Aur)。

些過程顯示著,從最早的無到存在個體出現的有之程序 (Kether算是存在的個體)。它們沒有數字,縱使是克羅利大師,也只能意思地把它們定在0,00,與000。 研究神秘學的愛好者,這些都是常用的東東,因該常常把這些東東給記在腦中, 所以我做了簡表。

Sephirah

Hebrew English 中文 天球
1. Kethe Crown 王冠 天府
2. Chokmah Wisdom 智慧 恆星天或原動天
3. Binah Understanding 理解 土星天
4. Chesed Mercy 仁慈 木星天
5. Geburah Severity 激烈(※ 權力) 火星天
6. Tiphareth Beauty 美麗 太陽天
7. Netzach Victory 勝利(※ 忍耐) 金星天
8. Hod Splendo 名譽(※ 威嚴) 水星天
9. Yesod Foundation 根基 月球天
10. Malkuth Kingdom 王國 四元素所合成

但這些東西在卡巴拉思想中卻是很低階的;因為它們仍具有物質的存在。其實生命之樹共有四株,剛剛寫的是最低階、物質最多,名為行動界World of Action (Olam ha-Assiah)。生命之樹也存在於其他三個高層的時空之中。比剛剛較高一級與物質已經很少的世界是貴族界World of Nobility(Olam Atziluth),柏拉圖的世界大概就是那樣子吧。在Atziluth,每個Sephirah都與一個特殊少見的神靈名字有所關聯。舉例︰與Geburah有關的聖靈是Elomhim Gibor, "全能的神" 在Elomhim Gibor他的職務分配上是未經仁慈調和的嚴厲審判官與公正的分配者。在希臘羅馬神話中,這聖靈的名字當然是Mars。

下一個世界是創造界World of Creation(Olam ha-briah),身在其中的Sephiroth都與天使長有關係。在這大家會聽見很熟悉的名字,如:Raphael(拉菲爾)、Micheal (米契爾)、Gabriel(加布列爾)(請參閱熊熊所寫的【黃道天使守護】)。

在Briah之上則是形成界World of Formation(Olam ha-Yetzirah),在這Sephiroth與 不同的天使或主權天使有關係,如:Cherubim(四翼天使)與Seraphim(六翼天使)。

這十個Sephiroth有22條 "線" 或是 "路徑" 連結,有時候也稱之為 "通道" (希伯來文是 )。這二十二條路徑與二十二個希伯來文字母有關聯。每個路徑對應於一個元素、行星或是占星學的星座。

希伯來文的三個母音:Aleph、Mem、 Shin;分別對應於三種原生元素:風、水、火。七種複音對應於七行星,十二個單音則就是黃道十二宮了。

前面所述及的有關Sephiroth與二十二條路徑綜合講為 "智慧的三十二路徑" ,是有與其他的系統與觀念相連結。舉例:七層天、七層地獄、淨界七層,這些都是與具有秩序的Sephiroth有相關性。

每個路徑都有與一個詳細說明的知識(如︰第四條路徑被稱之為 "啟蒙" "啟發" ),或是意志模型,而他們常常特別地被使用在合理分配大阿爾克那與二十二個字母上(雖然筆者從來不用希伯來文字母套塔羅牌...〉。

小阿克那則是以十度平分黃道,每張都是十二個單音在輪迴。表面上,什麼事情都沒有發生,甚至不知道是生命之樹所組成的。

生命之樹的中心莫過於那四個希伯來字所組合而成的神名了,那神之名的四個字,YHVH(Yod-Heh-Vau-Heh)、Yahweh,有時後稱為 "Jehovah" 但大家都常都叫 "神" (不準直稱我的名...)。

這個名字的四個子音組成了四大元素(火、 水、風與土,各自獨立)與前面所述及的四個世界。這四個子音常常形成一個家族:Yod是把拔,具有神的陽剛方面(跟中國的 "陽" 發音很像,巧合?),它與Sephirah的Chokmah有關,它也被稱之為Abba,聖父之意。

第一個Heh則就是碼麻,神的陰柔面,它也被稱之為Aima,聖母之意,與其相關的Sephirah則是 Binah。Binah的原形就是Great Mother(熊注:Great Mother很難解釋,類似大地之母、蓋亞之類啦)。Vau是兒子包含著Sephiroth的四到九,與其有關聯的是與救世主(或耶穌基督)。最後的Heh是女兒,有關的Sephirah就是Malkuth。

※ 卡巴拉宇宙觀(Cabalistic Mandala,Kabbalah mandala,卡巴拉的曼佗羅,曼荼羅),與目前的宇宙論或中國的易學頗為契合,怎會對這個有興趣? EVA 看太多了吧 :)

* 卡巴拉生命之樹
http://home.so-net.net.tw/wwlcom/02/list_a/cabala.htm

* Kabbalah - Wikipedia
http://en.wikipedia.org/wiki/Kabbalah

* Understandings of Kabbalah
http://www.change.freeuk.com/learning/relthink/kabbalah.html