2010-12-31

合成酵素能幫助確認難以研究的蛋白質

Synthetic enzymes could help ID proteins
http://www.physorg.com/news191688873.html

April 28, 2010

(PhysOrg.com) -- 利用一種罕見的、不為大自然所用的金屬,Rice 大學的化學家創造出一種合成酵素,能幫忙解開數千種難以研究的蛋白質的特性,包括許多在癌症或其他疾病中扮演關鍵角色的蛋白質。

這項研究本週發表在 Journal of the American Chemical Society 的線上版。

"我們已將銠(rhodium)的化學能力與生物學上已知、關於辨識與選擇特定蛋白質的那些結合起來," 研究共同作者 Zachary Ball 表示,Rice 化學助教授。"成果是一種工具,在許多方面上,比任何單獨的生物學或化學方法更加強大。"

Ball 大約在三年多前開始研究二銠(dirhodium)催化劑。打從一開始他並沒試圖利用它們創造出酵素,而是被一項研究迷住,那證明二銠催化劑能用來修改色胺酸(tryptophan),21 種胺基酸的其中之一。胺基酸是生命的基本基石。

催化劑在使它們自己不被耗損的情況下,透過增加反應速率來增強化學反應。

在活物中,稱為酵素(enzymes,酶)的蛋白質具相同作用。但與許多無機催化劑不同,酵素非常具有選擇性。在一種生物學家常比喻為「鎖與鑰」的過程中,酵素只會與其形狀精確相符的分子結合。這避免它們在細胞各處刺激額外反應。

Ball 與博士後研究助理 Brian Popp 想知道,他們是否能將酵素反應的選擇性與銠基(rhodium-based)催化劑結合。他們將其催化劑附加到短短的一段蛋白質上,藉此測試他們的想法。這種蛋白質如同幾股繩狀纖維般,能裹住其他蛋白。

這種「盤繞線圈(coiled coil)」的環繞圖形在生物學中很常見,尤其是在發訊蛋白(signaling proteins)中。發訊蛋白活化或鈍化了關鍵過程,例如細胞自毀(apoptosis)。這種「程式化的死亡」反應,已知在癌症中扮演某種關鍵角色。

"發訊路徑如同一長串骨牌," Ball 說。"可能涉及到幾十種蛋白質,而且它們一個接著一個起交互作用。在絕大部分的例子中,這些交互作用多半短暫且微弱。它們難以用傳統方法觀察,所以我們對於關鍵發訊蛋白在保健與疾病中所扮演的角色仍不清楚。"

Ball 表示,他與 Popp 的合成酵素策略也許能幫忙解決這個問題。在他們的試驗中,這對化學家能夠開發出選擇性地與蛋白質結合的合成酵素,並附加標籤,讓生物學家能夠確認它們。

除了色胺酸之外,這種方法也適用苯胺基丙酸(phenylalanine,苯丙胺酸)或酪胺酸(tyrosine),這二種胺基酸通常可在發訊蛋白中找到。而最近尚未發表的研究指出,這些研究者的策略也許對更多種胺基酸有效。

Ball 表示,在此方法大量用於生物學實驗室之前,得先精鍊過,不過他與 Popp 正在研究,朝著更廣泛實現此應用前進。

※ 相關報導:

* Structure-Selective Modification of Aromatic Side Chains with Dirhodium Metallopeptide Catalysts
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja101456c
Brian V. Popp and Zachary T. Ball
J. Am. Chem. Soc., 2010, 132 (19), pp 6660–6662
Publication Date (Web): April 26, 2010
doi: 10.1021/ja101456c
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