2008-08-23

生命並非 2D,為何我們的百科會這樣?

Life isn't 2-D, so why should our encyclopedias be?
http://www.physorg.com/news138620877.html

August 22, 2008

生物學家與生物化學家現在能存取生物巨分子(biomacromolecules,那構成生物功能與疾病的基礎)的 3D 影像。並不是靠文字來提供對於生物巨分子結構的了解,相反的,一個稱為 Proteopedia 的合作網站現在將已寫成的資訊與三維結構資訊連結,提供了一種新資源。

這個維基(wiki)網站資源,首先在 BioMed Central 開放存取的期刊 Genome Biology 中披露,將蛋白質結構與其他生物巨分子以互動格式顯示。這些互動影像由包含超連結的描述性文字所圍繞,而這些超連結會改變毗鄰 3D 結構的外觀(例如:觀點、表現、色彩或標籤)以反應文字中所解釋的概念。這使得複雜的結構性資訊變得很容易接近與理解,即便對那些不是結構生物學家的人也一樣。

這項資源在以色列 Weizmann 科學研究所由 Jaime Prilusky、Eran Hod、與 Joel L. Sussman 連同在 Weizmann 研究所與美國的同僚所開發。根據
Sussman 表示,"利用 Proteopedia,任何人能輕易創造連結到其 3D 結構的生物巨分子描述。"

除了由 Proteopedia 現有使用者所增添的內容外,在 Protein Data Bank 中超過 5 萬項目的每一頁,已透過「種子」資訊自動建立,所創造出來的頁面已十分有用且準備好讓使用者擴增。科學社群的成員已獲請求,要求每一個使用者帳號編輯現存的網頁並建立一頁新的。

Hodis 說,"我們正對科學社群進行簡報以評斷其用處與價值,而我們真的希望它能提供一種有效且動人的方式來傳達 3D 結構與功能之間的連接。"

※ 相關報導:

* Proteopedia - a scientific 'wiki' bridging the rift between three-dimensional structure and function of biomacromolecules
http://genomebiology.com/2008/9/8/R121
Eran Hodis, Jaime Prilusky, Eric Martz, Israel Silman,
John Moult and Joel L Sussman
Genome Biology 2008, 9:R121
doi:10.1186/gb-2008-9-8-r121
* Structure of key epigenetics component identified
http://www.physorg.com/news139665103.html

SGC 確定了 30 種關鍵蛋白的 3D 結構, 那涉及讓 "外遺傳密碼" 能精確地從某細胞拷貝到另一個細胞。SGC 表示他們秉持著 "開放原碼" 的政策,像這樣的發現應公諸於世。

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