Genetic-Engineering Competitors Create Modular DNA Dev Kit
http://www.wired.com/science/discoveries/news/2007/11/igem_winner
By Alexis Madrigal
11.13.07
大學生與高中生正幫助 MIT 科學家發展一種開放原碼的生物系統開發套件，那能對細胞做 Linux 為電腦所辦到的事。
身為國際遺傳工程機器（International Genetically Engineered Machines）競賽的一部份（在麻州劍橋舉行），上週，北京大學的學生從細菌創造出一條微小的裝配線。他們的參賽作品，「Towards a Self-Differentiated Bacterial Assembly Line（面向一個自我分化的細菌裝配線，http://parts.mit.edu/igem07/index.php/Peking）」在世界各地 50 個團隊中，替他們贏得大獎。
"生物學將要能夠製造出我們想要的東西，" Tom Knight，一位 MIT 工程師，同時也是 iGEM 的共同創辦者。"而且，當那發生時，生產的經濟學將巨幅改變。不需要花幾十億美金（的設備）來製造東西。只要花 100 美金的細菌培養器（incubator）就足夠。"
這項競賽是迅速發展的合成生物學（synthetic biology）領域的一種展示。Knight 與他的同事 Randy Rettberg 與 Drew Endy（http://www.wired.com/wired/archive/13.01/mit.html），他在 2004 年創造出這場比賽，想要製造一種生物性系統，很容易應用電腦科學與工程學的工具來建造：利用標準零件與模組化設計來簡化複雜的系統。其目標是要創造「基因樂高（genetic Legos）」那能夠產生任何化學物質，從乙醇到藥物。
北京大學團隊的領導者，Yifan Yang（音譯：楊義凡），表示他的團隊回到中國後將精練其研究。他從他團隊的計畫中看見了各種不同的應用，包括氫的生化合成。
他表示，那有可能是「讓某些細胞變成厭氧性以產生氫，而它們的鄰居則以有氧呼吸或光合作用以提供它們能量」。
所有團隊都提供標準化的 DNA 片段，或稱 BioBricks（生物積木），給Registry of Standard Biological Parts（標準生物零件登記處，http://parts.mit.edu/registry/index.php/Main_Page）。其中一個最好的新 BioBricks 是墨爾本團隊的氣體囊泡編碼（gas-vesicles code，http://parts.mit.edu/igem07/index.php/Melbourne）。它致使 "浮力腔產生，那能罩住（booted up）其內任何細菌，" Endy 說。換言之， BioBricks 讓研究者能夠任意製造會漂浮的細菌。那能用來收成能夠製造產品的細菌，例如生物燃料。（http://www.eurekalert.org/pub_releases/2007-11/asu-asu103107.php）
加州柏克萊大學團隊創造出「細菌血（bacto-blood）」-- 一種大腸桿菌-血紅素糊狀物。經基因改造後的大腸桿菌能製造血紅素 -- 那能將氧攜往細胞 -- 以及一種化學物質稱為右旋海藻糖（trehalose）。海藻糖讓細胞能經得起冰凍與乾旱。經過冷凍乾燥的血液遲早會以有限度的冷藏，出現在開發中國家。它能夠輕易地儲存 -- 需要時加入（無菌）水就能使用。
新的 BioBricks 持續加入幾千個已經登記有案的陣容中。其目標是要創造一個「開放的微生物（Open Microbe）」，一種「開放原碼底盤，用以組裝生物系統」，Knight 說。
一個大學聯盟將在 2008 年釋出第一份 BioBrick Public License 的草案。那將允許任何人自由地（free）利用生物零件 -- 本質上是個細胞開發套件（cellular dev kit）。
Knight 相信今日的大學生競爭者將會是明日的 Packards（HP 的那個 P）、Wozniaks（科技頑童） 與 Bells（發明電話者）。
"上世紀是由基於物理科學原理的工程所主宰，" Knight 說。"本世紀將會由來自於生物學與生物化學的工程所支配。"
在目前，他們仍是當代的大學學生，不管他們的科學聰穎，好像玩得很開心。當焦慮的競爭者等待贏家揭曉的那一刻，一位來自於 Missouri Western的學生，Jeremy Baumgardner（http://parts.mit.edu/igem07/index.php/Davidson_Missouri_W/Jordan_Baumgardner）領導一個自發性團體，跳著 hip-hop 聖歌「Cupid Shuffle（http://www.youtube.com/watch?v=h24_zoqu4_Q）」。某些羅漫史也在醞釀中。一位加州大學舊金山分校團隊成員，Jimmy Huang，在 blog 上分享他的體驗（http://www.openwetware.org/wiki/Lim:JimmyBlog），包含他為何十分關注這個獲勝隊伍："來自於北京大學的可愛女孩給了我一件 T-Shirt... 我希望再度見到她，或許在另一場 iGEM 童子軍大會，如果不是在某種合成生物學會議上的話... "
這位 "Cute girl" 目前尚未取得回應。
※ 聖杯應該是堆出一個人吧。
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人造染色體製出 人造生命近了
【聯合報╱編譯田思怡／報導】 2007.12.19
美國馬里蘭州科學家已創造全球第一個完全人造的染色體，此一重大突破，被視為以人造ＤＮＡ創造新生命形式的大躍進。
華盛頓郵報報導，科學家首度在試管中製造ＤＮＡ已是五十年前的事。當時是把尋常的化學成分連接成生命中最不尋常的分子。但直到最近，連最先進的實驗室也只能製造出ＤＮＡ的一小部分，例如製造一兩個額外的基因，植入玉米作物，有助於玉米抵抗蟲害或忍受乾旱。
著名的基因學家、馬里蘭州「人造染色體」公司執行長凡特已製造出全球第一個人造染色體，是在實驗室製造的一長串ＤＮＡ，比之前製造的ＤＮＡ長許多倍，含有微生物維持生命和繁殖所需的所有指令。
製造人造染色體的詳細過程可能在明年初才會對外發表，但凡特已示範能把一個天然的染色體植入一個細胞內，讓細胞產生生命。如果人造染色體也能移植到一個細胞內，並產生生命，第一批用百分百人造染色體組成的活細胞可望於二○○八年底之前在實驗室中製造出來。
凡特將把這些活細胞用於製造替代燃料，像是乙醇和氫，以供應估計達一兆美元的市場需求。
雖然第一個人造染色體完全抄襲天然染色體，科學家也著手製造其他前所未有之生命形式的染色體。
科學家和哲學家都同意，用人造ＤＮＡ創造生命體將是重大分水嶺，使生物和人造生物的界線變模糊，迫使人重新思考生物代表什麼意義。
柏克萊加州大學人類學家拉比諾說：「這引起有關什麼是天然，或天然可能變成什麼的嚴肅問題，進化過程不再是神聖和不可違背，實驗室中的人可以為了不同目的著手改進。」
科學家對造物的掌控不僅引起道德問題。科學家、恐怖分子或其他有創意的人究竟會造出什麼樣的有機物？如何抑制這些會自己複製的有機物？誰能擁有用於人造生命的基本工具的專利權？
部分專家擔心一些公司已壟斷控制人造生命的核心「操作系統」，可能成為人造生物產業中的微軟公司。
麻省理工學院科學家安迪說：「我們正邁向寫ＤＮＡ程式的時代，就像電腦程式發展初期一般，但誰將擁有這些程式的版權？」
人造生物學新掘起的核心技術是高速的ＤＮＡ製造機，能用基本的化學材料，像是糖、氮基化合物和磷酸鹽來製造長串的基因物質。
生物駭客來了！ 基因工程網路自學
【聯合晚報╱編譯彭淮棟/綜合報導】 2009.01.31
「車庫傳奇」是科技史的重要一章，至少當代是這樣。蘋果電腦是喬布斯幾個臭皮匠在車庫裡發明的。Google的搜尋引擎是在車庫裡出生的。美聯社報導，現在業餘愛好者在家裡自己做基因工程。
這些業餘玩家使用自製的實驗設備，發揮從網路自學的科學知識，希望運用基因工程創造新的生命形式。傳統上，這是博士們在大學和企業公司的實驗室裡做的事。
在她舊金山家裡的「餐間實驗室」，31歲的電腦程式設計師梅瑞蒂絲‧帕特森研發基改優格菌，這種優格菌碰到三聚氰胺，會泛綠光。三聚氰胺就是前不久把中國大陸嬰兒奶粉變成毒奶粉，把寵物食物變有毒的化學物。
帕特森說，這類實驗既使人努力求知，又有益人類，何樂而不為。
目前為止，車庫或廚房都還沒有交出石破天驚的發現，批評者倒有不少。他們說，業餘玩家遲早會弄出一場環保或醫療災難來。支持者則說，這些未來的比爾蓋茲可能正在車庫裡研發某種癌症療法。
許多玩家可能在大學修過生物學，但絕大多數沒有什麼深造的學位，也不是在生物科技領域討生活。有些人以只求知識，不謀其利的「生物駭客」 (biohacker)自稱，十分自豪。
美國麻州劍橋有個叫DIYbio的組織正在成立一種社區實驗室，供民眾使用化學品和實驗設備，包括一套中古冷凍機，能降到攝氏零下80度，這是很多種細菌需要的存活溫度。
共同創辦人是24歲的考威爾，大學主修生物學，他說，業餘玩家可能從事疫苗、超效生質燃油等嚴肅的研發，但也可能來一點輕鬆的研究，例如能使刺青發光的墨魚基因。
無拘無束的創意，可能產生重要的發明。他說，科學可以做得很「性感」、很好玩、更像遊戲一點。
帕特森學習基因工程的途徑有二，一是讀科學論文，二是上網路論壇。她以不到一百美元的價錢，向一個生物供應公司訂購水母DNA來做綠色螢光蛋白質，又自己做實驗儀器，包括一具成本不到25美元的DNA分析儀。
國際生物科技觀察組織「ETC集團」警告，業餘實驗室或其他非正式實驗場所的安全防護不足，業餘玩家合成的生物可能逃出掌控，引起難以治療的疾病，或難以預料的環境損害。
有人則擔心恐怖分子利用DIY基因工程製造災害。帕特森說：「恐怖分子不必利用DIYbio，他們到社區學院註冊上課更方便。」
※ 有些實驗真的很危險，先想辦法弄到 P4 等級的實驗室吧，不希望看見「28小時毀滅倒數（28 Hours Later）」率先出現。
＊ Biopunk - Wikipedia
http://en.wikipedia.org/wiki/Biopunk
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